晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。
演员：丹·卡斯泰兰尼塔 朱莉·卡夫娜 南茜·卡特莱特 泽 朗·霍华德 马丁·马尔 马克·哈米尔 乔·曼特纳 迪克·特菲尔德 辛迪·劳帕 富兰克林·德拉诺·罗斯福 罗斯福·格里尔 约翰·马登 丹·马里诺 默多克 多莉·帕顿 帕特·萨莫雷尔 佛莱德·威拉特 小艾德·博格里 简·胡克斯 埃尔顿·约翰 约翰·卡西尔 小汉克·威廉姆斯 伊莎贝拉·罗西里尼 杰克·拉拉尼 迈克尔·麦基恩 史蒂芬·霍金 丸山凯伦 渡边戈登 基内·扬 武井乔治
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